秘密纸条系统是游戏内重要的探索要素之一，通过完成这些纸条任务可以获得特殊奖励或解锁隐藏剧情。要触发秘密纸条系统，玩家需在冬季早晨6点至下午4点间从农场步行至巴士站，会看到暗影人逃跑的剧情并解锁冬日谜团任务。调查社区中心左侧的灌木丛后，暗影人（科罗布斯）会赠予放大镜，此后便能在挖掘、砍树、钓鱼等活动中随机获取秘密纸条，骑马时无法触发该剧情。
秘密纸条共有25张，内容分为村民喜好提示和谜题宝藏两大类。纸条1-9记录了村民的喜好物品，有助于快速提升好感度；纸条10-25则多为解谜任务。例如纸条10提示齐先生在沙漠矿洞100层等待；纸条13要求每月28日中午12点检查儿童游乐场北侧灌木丛获取祝尼魔毛绒玩偶；纸条14需用镐子敲击社区中心背面获取石祝尼魔雕像；纸条15则需在冬季夜市按1-5-4-2-3顺序点击贝壳获取珍珠。部分纸条如16-18是藏宝图，在铁路、鹈鹕镇河流北部或沙漠特定位置挖掘。
纸条19要求从山姆家门前出发，按箭头方向行走至障碍物处转向，最终在镇长家后找到黄金雕像；纸条20需携带兔脚前往乔家超市卡车处交换永久运气加成；纸条22则需将电池组放入巴士站左侧隧道的盒子中解锁齐先生挑战。若已完成社区中心献祭导致乔家超市关闭，纸条20任务将无法完成。纸条23需要携带枫糖浆进入秘密森林交给熊，此后黑莓和鲑鱼莓价值将提升至三倍。
纸条21揭示在午夜12:40前往沙滩桥左侧灌木丛会撞见镇长与玛妮的秘密约会；纸条25则需在温泉门前水塘钓鱼获取项链，归还给阿比盖尔可提升100好感度。收集过程中需注意，每张纸条只能获取一次，未持有对应纸条时相关任务不会触发。已读纸条可在菜单收藏栏查看，但不可重复用于任务。
