打完二周目四大天王并成为冠军后，你的旅程远未结束。这时大木博士会来找你，询问图鉴的收集情况。如果你的图鉴收集数量达到了60种大木博士会帮你把图鉴升级为全国图鉴模式，这开启了一个全新的收集篇章。你会发现原本可以重复挑战的四大天王暂时无法挑战了，因为冰系天王科拿外出旅行了，这引导着你前往新的区域——七之岛进行探索。
接下来的主要任务就是前往七之岛展开冒险。你需要先到枯叶市的码头乘船前往一之岛。在一之岛的精灵中心，你会遇到一位研究员，他的机器需要红宝石才能运行，于是他拜托你去寻找。你需要前往灯火山，在山脚下击败守卫的火箭队残党，进入洞穴深处取得红宝石。将红宝石交给研究员后，他会告诉你还需要一块对应的蓝宝石，并会给你一张彩虹通行证，这张船票允许你在七个岛屿之间自由通行。寻找这两块宝石是贯穿七岛剧情的关键线索，也是推动故事发展的核心任务。
你会遇到许多新的挑战和剧情。例如在四之岛，你可以找到科拿的家，并进入旁边的冰洞，在深处帮助科拿击退火箭队，从而学会秘传技攀瀑。从火箭队那里得知他们的下一个目标是五之岛的仓库。在六之岛，你需要进入一个需要居合斩开门洞穴，按特定顺序掉入洞中才能找到蓝宝石，但宝石会被尾随的火箭队成员抢走，不过他留下了一串密码。带着密码前往五之岛的火箭队仓库，击败里面的首领后即可夺回蓝宝石。最后将蓝宝石带回一之岛给研究员，就能完成机器的修复，并解锁与宝石版游戏通信的功能。
除了主线剧情，二周目最重要的事情就是捕捉各种强大的传说中的宝可梦。在完成七岛任务的过程中或之后，你就可以去追寻它们的踪迹了。火焰鸟位于一之岛的灯火山顶层。急冻鸟位于四之岛右侧子岛的深处洞穴中，需要先用怪力推动石头疏通水路。闪电鸟则位于无人发电站。而最强大的超梦，在华蓝洞窟的最深处等待着你，通常需要完成七岛的主要任务后，挡在洞口的人才会消失。洞窟内的野生宝可梦等级很高，需要做好充分准备。成功收服这些传说中的宝可梦，是充实图鉴和组建强大队伍的终极目标之一。
你可以再次挑战强化后的四大天王和冠军，他们的队伍等级大幅提升，阵容也有所变化，比如冰天王科拿会使用乘龙、迷唇姐等强力的宝可梦，格斗天王希巴的怪力等级更高，龙天王渡的快龙则更具威胁。你可以前往七之岛的训练师塔，挑战那里实力极为强劲的训练师们，以此来磨练自己的战斗技巧。你可以继续深入探索各个岛屿的每一个角落，比如二之岛的记忆技能小屋可以让宝可梦回忆遗忘的技能，变化洞穴、标记森林、不归洞穴等区域都藏着道具和秘密等待发现。
