稀有种子是一种特殊作物种子，种植后可以收获高价值的宝石甜莓，其主要通过旅行货车购买获得，种植季节限定为秋季，生长周期为24天。获取稀有种子最直接的方式是找到旅行货车，也就是玩家常说的猪车，它会在每周五和周日随机出现在煤矿森林的西北部，在货车的商品栏中有几率刷新出稀有种子，其售价在600至1000金币之间波动，由于商品和价格完全随机，可能需要多次拜访才能遇到，将收获的宝石甜莓放入种子生产器中，也有一定概率重新分解出稀有种子，这为扩大种植规模提供了可能。
种植稀有种子有明确的季节要求，必须在秋季进行播种，如果拥有已修复的温室，则可以在温室内无视季节限制随时种植，从播种到成熟收获，完整的生长周期是24天，因此需要规划好时间，最晚应在秋季的前一周内完成播种，以确保在冬季来临前能够收获，使用生长激素或高级生长激素可以有效缩短作物的生长时间，为种植提供更大的时间弹性。
种植后的日常管理与普通作物相似，需要每天为耕地浇水以保证生长，记得在农田附近放置稻草人来驱赶乌鸦，防止作物被破坏，使用基础肥料或更高等级的肥料，可以提高收获时获得高品质作物的概率，从而卖出更好的价钱，当经过24天的等待，作物成熟后，使用镰刀或直接徒手即可收获宝石甜莓。
收获的宝石甜莓用途主要有两种，一是直接出售，其基础售价就高达3000金币，品质更高的果实价格会更可观，二是用于完成一个特殊的收集，将一颗宝石甜莓作为礼物赠予秘密森林中的那位雕像，雕像需要世界上最甜美的味道，作为回报，你会获得一个珍贵的星之果实，永久提升你的体力上限，这是游戏中增加体力值的重要途径之一。需游戏中的稀有种子与上古种子是两种完全不同的物品，切勿混淆，上古种子捐赠给博物馆后可获得配方，种出的是上古水果，而稀有种子种出的就是宝石甜莓，在规划种植时，务必留出足够的生长天数，并善用种子生产器来复制种子，以实现收益的循环扩大。
