稻妻地区的地下室解谜主要涉及机关地板、雷元素互动和特殊道具使用。首先需要明确的是，大多数地下室入口需要通过前置任务解锁，例如绀田村的井底入口需完成神樱大祓系列任务的初始环节。进入地下室后，常见的解谜类型包括地板机关、雷方块和雷指针等。地板机关解谜通常需要按照特定顺序踩踏，荒海区域的地下室就存在一笔画式地板机关。启动墙上的开关后，地板会显示特殊图案，玩家需按照藏宝图提示的顺序依次踩亮所有地板，过程中不能重复踩踏同一块地板。若顺序错误，可重新启动开关重置机关。
雷元素相关机关是稻妻解谜的特色内容。雷霆探针需要利用雷元素引导指针方向，没有北斗角色时可借助附近的雷种子或电气水晶。雷方块机关则需按照花瓣亮起数量进行击打，例如四方块型的标准解法是：先击打号方块至全亮，再击打号方块使号亮起，接着击打号至全亮，最后调整号使亮起数与号相同。蛇神之首区域的铁门解密需要找到周围两个雷灵并引导至正确位置。
获得留念镜后，可用它照射小狐狸石像获取隐藏线索，这在绀田村井底和荒海地下室尤为关键。部分地下室还藏有需要雷种子才能穿越的屏障，雷种子等级不足时无法进入特定区域。清籁岛的地下室解谜涉及复杂的机关矩阵，需要先记录中间雷石的初始朝向作为基准点，再推算其他雷石的旋转次数。
完成主要解谜后，许多地下室在解谜完成后会开启隐藏通道或出现额外宝箱，例如绀田村井底雷屏障后的华丽宝箱，或是蛇神之首密室中的珍贵奖励。部分地下室还与世界任务联动，如远吕羽氏遗事任务需要在地下室修复多个镇物。建议携带多种元素角色应对不同情况，特别是能产生持续雷元素反应的角色会显著降低解谜难度。
