有六个主要结局，每个结局的触发条件与关键角色支线任务完成度密切相关。恶魔结局需要选择相信荒坂公司并救出华子，最终在董事会议后与赖宣对决，击败亚当重锤后由竹村提供两个选择决定结局走向。自杀结局则是在天台与强尼对话时选择我可以将这一切都抛下并扔掉药片直接结束游戏。星星结局要求完成帕南所有支线任务后向其求助，最终与阿德卡多家族共同离开夜之城。太阳结局需完成罗格全部支线任务，在天台对话中选择让强尼与罗格行动，并在赛博空间选择将身体留给强尼。
关键支线任务对结局解锁具有决定性影响，朱迪的幻灭、前任、金字塔之歌等任务链必须完成才能确保相关结局选项可用。罗格的插管、梦缠绕的时候等支线同样不可或缺，克里的没有理想不伤心、二次冲突等任务链也影响着部分结局的达成条件。隐藏结局需要在支线插管中达成特定条件，选择前等待五分钟不进行任何操作，随后奇袭荒坂塔并与重锤战斗，最终由奥特提供两个关键选择决定结局走向。节制结局则是在帕南线、罗格线或隐藏结局中，选择让强尼接管V的身体并离开夜之城。
结局选择界面出现在游戏终章走出余烬部分，V昏迷醒来后需要拿起桌上的枪和药走向门口，米丝蒂会邀请前往天台。建议在此处手动存档以便体验不同结局。天台对话是与强尼的最后交流机会，所有选项将直接影响结局分支。恶魔结局展现荒坂公司的残酷统治，星星结局体现流浪者家族的情谊，太阳结局呈现夜之城巅峰权力生活，节制结局展示强尼获得新生的可能性。
游戏机制允许玩家在观看结局字幕后退回关键转折点重新选择，通关奖励会自动出现在背包或义体医生处。部分结局存在隐藏条件，如隐藏结局要求特定对话选项与等待时间，自杀结局则直接跳过所有后续内容。角色好感度系统间接影响结局选项，朱迪、帕南等角色的支线完成度决定了相关结局是否可用。
