武器的选择直接影响战斗体验和角色强度。十拳剑、草薙剑、鲛肌等。这些武器不仅攻击力出众，还附带独特效果，如封印、查克拉吸收或属性增幅。斩首大刀作为七忍刀之一，以其自我修复和吸血能力成为持久战的首选。镰刀虽为飞段的标志性武器，但游戏中对连击和范围控制有显著加成。鲛肌的特殊之处在于能与使用者合体，大幅提升攻防属性，尤其适合查克拉消耗较大的角色。团扇则擅长反弹攻击，在对抗远程或法术型敌人时效果显著。
六道忍具套装包含芭蕉扇、红葫芦等五件装备，需组合使用才能触发封印效果。这类武器操作难度较高，但控场能力极强。草薙剑作为大蛇丸和佐助的佩剑，以高暴击率和穿透性能著称。雷神剑配合飞雷神之术可实现瞬移攻击，是速攻流的核心装备。
十拳剑作为须佐能乎的配套武器，拥有最强的单体封印能力。八尺镜则提供绝对防御，能抵消任何属性的攻击。玩家需注意，部分顶级武器需要通过特定剧情或隐藏任务解锁，且往往存在使用条件限制。例如金箍棒需与猿魔通灵兽绑定，而宇智波团扇仅限写轮眼持有者装备。物理系优先提升暴击和破防属性，法术系侧重查克拉增幅和冷却缩减。部分武器存在隐藏联动机制，如鲛肌与鬼鲛角色组合可激活特殊奥义。
